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中科院、首都醫(yī)科大新成果單分子測序的甲基化組分析

點擊次數(shù):1259     更新時間:2015-12-31

日前,在Nucleic acid research雜志上,由中科院、首都醫(yī)科大等機構的研究人員對MTBC進行了深入研究。他們發(fā)現(xiàn),單分子實時測序可以實現(xiàn)的甲基化組分析。這項研究說明,SMRT平臺在甲基化組分析上很有潛力,能顯著增強我們對DNA MTase功能的了解。

肺結核(TB)是結核分枝桿菌復合群(MTBC)造成的常見傳染病?,F(xiàn)有抗生素能夠緩解肺結核的癥狀,但治療往往持續(xù)數(shù)月而且還無法將其**,導致這種疾病在治療數(shù)年后頻頻復發(fā)。

中科院、首都醫(yī)科大等機構的研究人員對MTBC進行了深入研究。他們發(fā)現(xiàn),單分子實時測序可以實現(xiàn)的甲基化組分析。這項研究發(fā)表在前不久的Nucleic acid research雜志上,文章的通訊作者是中科院北京基因組研究所的陳非和首都醫(yī)科大學附屬北京胸科醫(yī)院的黃海榮。

為了全面了解MTBC的基因組甲基化,研究人員采用PacBio的單分子實時測序技術(SMRT)完成了12個MTBC菌株的基因組,并且分析了它們甲基化組的特征。研究人員鑒定了三個m6A序列模體及其相應的甲基轉移酶(MTase)基因,包括已知的mamA、hsdM和新發(fā)現(xiàn)的mamB。他們還通過實驗驗證了HsdM和MamB的甲基化模體和功能。

研究顯示,上述12種菌的MTase活性并不相同。單分子測序可以揭示每個修飾位點的甲基化狀態(tài),得出特定MTBC菌株的甲基化組。未修飾的位點大多與轉錄因子的結合區(qū)域重疊,這可能為這些位點提供了保護,使其不被甲基化。

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